A partir de 1663 busca colocación como cantante en su tierra (Bilbao, San Sebastián, Victoria), parece que infructuosamente, y pasa entonces a Madrid, donde se produce un cambio en sus propósitos musicales, pues hasta entonces su objetivo parecía centrarse en el canto, y a partir de aquí se despiertan sus notables dotes para la composición. En Madrid estudió con uno de los más eminentes compositores españoles, lo que puede explicar el cambio de objetivos musicales. El maestro Matías Ruiz debió poner mucho interés en su discípulo, dado su progresión que pronto le llevan a componer como aventajado músico.
         Entre 1663 y 1680 hay una imprecisión biográfica, seguramente porque se hizo fraile Trinitario o Mercedario (las fuentes discrepan aquí), con las consiguientes etapas de formación religiosa y retraso de los estudios musicales, que no debieron quedar interrumpidos, pues de 1674 es su magnífica composición a Nuestra Señora de la Concepción, “Que le diré a esta bella zagala”. En 1680 regentaba provisionalmente el magisterio de la capilla de la Encarnación de la capital, quizás con labor en las Descalzas Reales, cuando quedó vacante la plaza de Santiago de Compostela, para la que fue elegido por el Cabildo sin oposición, solo por los informes que le avalaban y su fama de excelente compositor. Pero tardó unos meses en hacerse cargo del puesto, al no haber en Santiago convento de su Orden, por su condición de fraile trinitario, de cuya orden no había convento en Santiago, por lo que debió solicitar dispensa especial al Nuncio de su Santidad para vivir fuera de las Casas de su Orden, que le fue concedida, y que le permitió tomar posesión del cargo el 10 de mayo de 1681. Para entonces ya había enviado algunas primeras composiciones dedicadas al Apóstol. El 25 de Julio de 1681 será el primer día que la catedral escucha la música de José de Vaquedano. También se estrena en el cardenal Don Francisco Seijas Losada, notable predicador, con un florido discurso que funciona como una arenga con connotaciones militares y patrióticas que encuentran reflejo en el villancico al Apóstol compuesto para la ocasión por José de Vaquedano: “Al Apóstol más excelso”, obra de magnífica factura que corona el momento con un despliegue polifónico a tres coros uno de ellos orquestal.

Desde esa fecha desempeña con plena satisfacción su labor de maestro de capilla durante casi treinta años, cumpliendo fielmente su obligación. En 1710 fue jubilado por sus achaques de salud, con la mitad de su salario, gesto y cantidad excepcionales, pues en estos ámbitos la jubilación era un trámite raro y de prestación simbólica. Se hizo “en atención a los muchos años y bien que ha servido a esta santa iglesia”. José de Vaquedano murió a los 68 años de edad y fue enterrado en el convento de las madres mercedarias de Santiago de Compostela. Previamente había dejado en herencia a la Catedral de Santiago todas sus obras, lo cual hizo que se conservaran hasta hoy.

Edición discográfica de obras de José de Vaquedano

El musicólogo José Lopez Calo le valora como vanguardista de su tiempo, por su modernidad e inspiración, y por cultivar todos los estilos musicales con maestría: la polifonía contrapuntística, la policoralidad y las obras solísticas, siempre con gran sentimiento expresivo y profunda religiosidad. Queda una nutrida muestra de sus obras policorales, en que es un consumado maestro, con composiciones a varios coros, colocados en lugares distintos para un efecto de diálogo estereofónico de gran efecto. Como era habitual en la época, sobretodo en música religiosa, trata la orquesta como un elemento coral más, y la selección de cada instrumento era decisión del maestro en cada caso. Aunque parte de su producción parece perdida, queda por fortuna una buena cantidad de composiciones de gran calidad e interés. La mayoría se encuentra en la catedral de Santiago. Dentro de sus obras las más representativas son sus villancicos al Apóstol Santiago.

La catedral conserva 27 villancicos al Apóstol de Vaquedano, a una media de uno por año, aunque alguno se interpretó varios años con ligeros retoques de texto. Hay dos formatos básicos, el gran villancico para de la fiesta del 25 de julio, con despliegue sonoro de coros distribuidos en varios emplazamientos de la catedral y amplio apoyo orquestal; su temática se centra en el patronazgo, la monarquía y Santiago Matamoros, con onomatopeyas guerreras y efectos acústicos como retórica patriótica y popular, espectacular y efectista, con un texto de poco valor literario pero que lograban su propósito acústico y escénico. El otro formato es el villancico de vísperas, más sencillo, cantado en el transcoro por un grupo de cámara, con temática penitencial y peregrina, y mayor elaboración contrapuntística, con solos o duettos de línea belcantística y acompañamiento orquestal reducido. Vaquedano dominó el estilo policoral veneciano, en algunas de sus obras, se utilizaron 20 voces en cinco coros, cada una de las voces que cantaban a menudo estaba reforzada por instrumentos.